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某些樣品很難成像。有時即使前期使用的制樣方法，也不能幫助你得到想要的結果。樣品表面粗糙度和表面特征可能會將你感興趣的特定區(qū)域覆蓋，這些區(qū)域可能包含材料的表面缺陷或特征等重要信息。正如這個案例一樣，你需要從一個新的角度解析。例如在電腦芯片上進行故障分析時，一根導線或者其他物體可能會將導致故障的錯誤連接覆蓋住。或是統(tǒng)計特殊設計的合金顆粒，這些顆粒能提高發(fā)動機部件或微型醫(yī)療工具的性能，由于表面粗糙結構能將部分顆粒隱藏，使得統(tǒng)計結果不準確。
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